Ведущие специалисты Гуманитарно-педагогической академии - основатели научных школ, в рамках которых проводятся научные исследования, создаются учебники, учебно-методические пособия, научно-популярные издания, осуществляется деятельность научно-исследовательских центров, проводятся научные исследования аспирантов и соискателей, защищаются диссертации.
Научная школа - доктора педагогических наук, профессора Горбуновой Натальи Владимировны, рассматривает вопросы в рамках научной темы: «Проектирование и создание инновационной образовательной среды высшего учебного заведения» (регистрационный номер НИОКР 115121010064).
Школа профессионального образования - доктора педагогических наук, профессора, академика Александра Владимировича Глузмана в рамках научной темы: «Формирование профессиональной компетентности будущих преподавателей» (регистрационный номер НИОКР 115121010058)